Git にてブランチを切った時、親ブランチはデフォルトだと master になりますが、親ブランチを指定したかった場合、プルリク後に GitHubの画面上から変更可能です。
ー１ー
（図では、親ブランチは masterです。）
プルリクしたページを表示し、「Edit」。
ー２ー
親ブランチをドロップダウンで選択できるようになっています。
対象にしたい親ブランチを選択します。
ー３ー
ポップアップが出てきます。
「Change base」を押します。
ー４ー
親ブランチが切り替わってます。
コマンドラインで操作するよりも、こっちの方がやりやすいのではないでしょうか。
